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教育部配合12年國教政策推動，委託國家教育研究院調整普通高中課程綱要進行微調修訂草案，歷史科目在高一台灣史中，在涉外關係將鄭氏統治時期改為明鄭時期、清代一詞改為清廷、中國改為中國大陸，甚至加入兩岸分治-等課程內容，就有學者提出質疑，認為初步微調結果就像是以中國為中心的史觀，認為應以臺灣早期住民為主體看待臺灣歷史，才合乎常理。
而面對平面及網路媒體的學者反彈，作為國家教育教科書研究機關的國教院副院長曾世杰回應，因為社會變遷，國教院課綱審定委員等專家對課程內容微調工作是持續進行，經過三場公聽會，詢問各方專家學者意見，目前只是公聽會初步整理出來的結果，未來仍然有變數。
副院長認為，早期臺灣原住民族教材綱要來看，有一部分原本是簡介原住民族社會與文化對漢人的影響，後來修正為將對漢人的影響這部分去掉-t，加強原住民族文化主體性，而政大台灣文學研究所副教授孫大川則認為，歷史從來就不客觀，不管歷史教科書怎麼改變，都只是順應時勢變化，台灣原住民必須急起直追，透過文學或訴求書寫自己歷史，累積起來的份量才能讓政府重視。
教育部為了12年國教做了許多教育政策及課程改變，但要如何兼顧各方需求，還需要教育部跟各界以及原住民族社會進行更多的對話，確立台灣歷史發展跟定位。
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